2009-2010 sezonunda Süper Ligi’ne düşen Ankara takımlarından Hacettepe takımını çalıştırdı. Fenerbahçe’den ayrıldıktan sonra ilk kez teknik direktörlük betpark yaptığı Süper Lig ekibi Hassetpe’de sezonun ilk yarısında 16. sırada yer aldığı için görevinden ayrıldı.

2010-11 sezonunda Ankara’nın ikinci lig takımlarından Polatlı Bugsaşspor’un teknik direktörlüğünü üstlendi. Hacettepe’nin başarısızlığının ardından Polatlı Bugsaşspor’un teknik direktörü olan Önder Özen, Polatlı Bugsaşspor’da başarılı bir sezonun ardından ligde üçüncülük elde ederek play-off’lara katılma hakkını elde etti. Finalde Polatlı Bugsaşspor takımı, arka arkaya penaltı atışları betpark giriş nedeniyle Sakaryaspor takımına yenildi ve Önder Özen’in teknik direktör olarak ilk şampiyonu olmaya çok yakındı.